Powstanie parafii i kościoła w Maluszynie należy datować na XII/XIII w., czyli na czasy rozbicia dzielnicowego Królestwa Polskiego. Nie wiadomo dokładnie jaką rolę pełniła wówczas ta miejscowość położona na styku dwóch wielkich dzielnic — Małopolski i Wielkopolski, rozgraniczonych rzeką Pilicą. Maluszyn tym samym usytuowany był od strony północnej wspomnianej rzeki, czyli w ziemi sieradzkiej. W tej dzielnicy ulokowane były już grody książęcej administracji, m.in. w Sieradzu, Łęczycy (Tum) i Rozprza. Po drugiej stronie koryta Pilicy rozciągała się ziemia sandomierska z grodami w Żarnowie i w Chęcinach.
O znaczeniu miejscowości w średniowieczu może świadczyć fakt wydania w Maluszynie w 1226 r. przez księcia sieradzkiego Leszka Czarnego dokumentu sprzedaży wójtostwa w mieście Radomsku. Przy transakcji obecni byli lokalni możnowładcy, a także duchowieństwo, które reprezentował kapelan. Przypuszcza się, że za organizację życia kościelnego w Maluszynie mogli odpowiadać misjonarze z zakonu cystersów, albo benedyktynów. Ci pierwsi, osiadli w XII w. w Brzeźnicy (Jędrzejów), posiadali swoje dobra na terenie sąsiedniej parafii Borzykowa (wsie: Grodzisko, Komorno — bliżej nieznane, Łysiny i Okołowice). W ten sposób mnisi cysterscy mogli także oddziaływać na sąsiadujące tereny, tj. Maluszyn. Benedyktyni zaś swoją siedzibę, również datowaną na XII w., posiadali w niedalekim klasztorze Świętego Krzyża na Łysej Górze (Nowa Słupia) w Górach Świętokrzyskich. Ich rolę w procesie chrystianizacji interesującego nas terenu można wiązać przez fakt funkcjonowania dawnego tytułu kościoła w Maluszynie — Świętego Krzyża (lub Podwyższenia Krzyża Świętego) obok wezwania św. Mikołaja do końca XVIII w. Klasztor świętokrzyski bowiem do czasu potopu szwedzkiego był jednym z głównych ośrodków pątniczych na ziemiach polskich, a ponadto posiadał cenne relikwie Drzewa Krzyża Świętego, cieszące się dużym kultem wśród wiernych.
Zorganizowaną parafię w Maluszynie obsługiwali za małymi wyjątkami duchowni świeccy. W ich zasięgu w początkach XVI w. pozostawały już następujące miejscowości: Maluszyn, Gościęcin, Rudę Arcybiskupią, Mosty, Silniczkę, Ciężkowiczki, Sudzin, Sudzinek i Łazów. W następnych stuleciach w granicach parafii pojawiły się kolejne punkty osadnicze, tj. Barycz, Silpia, Oblasy, Kąty, Ciężkowiczki, Błonie, Wola Życińska, Czarny Las, Ferdynandów. Ostateczny kształt granice parafii przybrały w początku XIX w., kiedy w wyniku rozbiorów Rzeczypospolitej Obojga Narodów przeobrażeniom uległy także granice kościelne. W ten sposób w 1818 r. od parafii w Maluszynie została „oderwana" jej część zapiliczna z wioskami Gościęcin, Silpia i Oblasy, a pozostały miejscowości: Maluszyn, Barycz, Błonie, Ciężkowiczki, Czarny Las, Ferdynandów, Kąty, Łazów, Silniczka, Sudzin i Sudzinek, Wola Życińska. Tak przeorganizowaną parafię włączono administracyjnie do nowo powstałej diecezji włocławskiej, czyli kujawsko-kaliskiej. Kolejne zmiany w granicach na mapie kościelnej w Polsce nastąpiły w 1925 r., kiedy powstała diecezja częstochowska. Do utworzonego wówczas jej granicach przydzielono parafię Maluszyn. W 1992 r. Ojciec Święty Jan Paweł II diecezję częstochowską podniósł do rangi archidiecezji pod patronatem Matki Bożej.
Źródła historyczne wymieniają dotychczas cztery świątynie parafialne w Maluszynie. Trzy pierwsze były drewniane. Najdawniejszy kościół (znany jako pierwszy), nie wiadomo kiedy i przez kogo fundowany, mógł sięgać czasów erygowania parafii w XII/XIII w. Nową świątynię (drugą) ufundował dziedzic Paweł Pukarzowski w 1562 r. Służyła ona wiernym do 1677 r., kiedy to spłonęła podczas pożaru wsi. Kolejny kościół (trzeci) w Maluszynie wybudował ks. Stanisław Białoczyński w 1680 r. Niestety świątynia podzieliła los poprzedniej, spłonęła w 1777 r. Budowę obecnego kościoła, z kamienia i z cegły, rozpoczął jeszcze w 1777 r. ks. Jakub Kochankiewicz, kontynuował ks. Michał Kulesza, a ukończył o. Eleutery Miechowicz w 1787 r. Przez cały wiek XIX trwały prace nad wykończeniem świątyni, które w największym stopniu finansowane były przez kolatorów parafii z rodu Ostrowskich, dziedziców Maluszyna. W ołtarzu głównym świątyni umieszczono obraz Matki Bożej Pocieszenia na zasuwie, ozdobiony pozłoconą koroną i srebrną sukienką. Dwa ołtarze boczne dedykowano św. Mikołajowi (kaplica południowa) i Najświętszemu Sercu Pana Jezusa (kaplica północna). Na drzwiami głównymi kościoła umieszczono chór organowy. Świątynia została konsekrowana 17 września 1903 r. staraniem proboszcza ks. Franciszka Stalińskiego.
Od 1925 r., kiedy parafia Maluszyn należy do diecezji częstochowskiej, dekanatu gidelskiego, tworzy ją 14 miejscowości: Maluszyn, Barycz, Błonie, Budzów, Ciężkowiczki, Czarny Las, Ferdynandów, Kąty, Łazów, Mosty, Silniczka, Sudzin, Sudzinek, Wola Życińska. W latach 1932-1934 proboszczem w Maluszynie był znany miłośnik astronomii ks. Bonawentura Metler, zamordowany przez Niemców we wrześniu 1939 r., jako proboszcz parafii Parzymiechy. Po nim duszpasterstwo w parafii Maluszyn prowadzili: ks. Bernard Kobielski (1932-1943), ks. Józef Zawadzki (1943-1944), ks. Henryk Antkiewicz (1944-1959), ks. Jan Brunak (1959-1961), ks. Lucjan Kobiński (1961-1969), ks. Czesław Kempa (1969-1975), ks. Jan Krawiec (1975-1980), ks. Eugeniusz Stefaniak (1980-1983), ks. Jan Boryczka (1983-1984), ks. Józef Kruszec (1984-2005), ks. Jerzy Grzyb (2005-2015), ks. Tadeusz Jarząbek (2015-2018), ks. Grzegorz Patek (2018-).
Parafia Maluszyn wydała Kościołowi kilka powołań kapłańskich i zakonnych. Wśród nich: o. Augustyn (Ludwik) Jędrzejczyk (1865–1952), paulin, Przeor Klasztoru na Skałce w Krakowie, Wikariusz Generalny Jasnej Góry, kopista Obrazu NMP Jasnogórskiej; ks. Władysław Wojtasik (+1942), doktor teologii, męczennik II wojny światowej w Dachau; ks. Antoni Bogdański (+1938), profesor Seminarium Duchownego we Włocławku, wychowawca kard. Stefana Wyszyńskiego i pierwszy Naczelny Kapelan ZHP; ks. Antoni Wodzisławski (+1987); ks. Jan Batorski, Kapelan Honorowy Jego Świętobliwości; ks. Henryk Dusza; ks. Sławomir Wodzisławski; s. Dobromiła (Teresa) Ściubak (+2011) Zgromadzenie Sióstr Franciszkanek Rodziny Maryi, s. Salomea (Barbara) Ściubak Zgromadzenie Sióstr Najświętszej Rodziny z Nazaretu (+2024), s. Maria (Iwona) Baryś Zgromadzenie Najświętszego Serca Jezus Sacrè Coeur.
W 2012 r. parafia Maluszyn świętowała jubileusz 600-lecia. Z tej okazji zorganizowano okolicznościowe sympozjum naukowe (20 X 2012 r.) oraz wydano Księgę Pamiątkową, dokumentującą dzieje parafii. W 2012 r. parafia otrzymała relikwie św. Jana Pawła II z Rzymu.